播种后至出菇前的这段时期为菌丝生长阶段，该阶段管理为发菌期管理，时间段一般是11月至翌年的3月初。该阶段管理的主要目标是使羊肚菌菌丝体大量生长，充满表层20～30厘米厚的土层。使菌丝体菌核化，菌丝和菌核细胞内部储存大量营养物质，为出菇奠定良好的物质基础该阶段的管理主要是水分、温度、空气、虫害、杂菌、风灾、雨雪等方面的管理。
由于播种后哇面土壤表面一直覆盖着地膜，在催菇前一般不需要特定的水分管理。但是，对于含沙量较高的土壤，再加上播种前浇水较少、覆盖的地膜压得过稀等原因，可能会造成土壤缺水。对于缺水的土壤，要在上冻前补充一水分。可采取往沟内灌水、揭开覆膜往哇面土壤微喷补水，或不提膜直接、理盖薄膜上喷水，使水分流到沟内慢慢渗人土壤等方式。
搭小拱棚或土壤覆盖地膜、地膜上再覆盖遮阳网的方式，一般不需要特定的温度管理。但是如果播种早或者气温高，造成膜下或者棚内畦面近地表时间长时间高于25度，要及时掀膜通风降温。此外对于黏土、地膜覆盖较严的，也可以在地膜上每隔30cm左右打一个孔，孔径2-3cm，这样就避免了温度过高，土壤过湿等对发菌的危害。
土壤湿度过大，羊肚菌在发菌期会出现土壤表面气生菌丝过于旺盛、浓密的菌丝在土壤表面大量生长的情况，需要加强通风排湿。另一个问题就是土壤分生孢子过多，畦面雪白一片，多由于土壤过湿引起。可加大通风力度、减少表土的含水量进行改善。
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